El programa de capacidades emprendedoras «Programa de Aceleración de Startups - Regional», tiene por objetivo facilitar a startups y emprendedores innovadores, de todos los sectores, actividades de asesoramiento orientadas a hacer crecer y desarrollar sus negocios. Este programa se desarrollará en cada una de las Comunidades y Ciudades Autónomas del territorio nacional.
El programa de capacidades emprendedoras "Programa de Aceleración de Startups - Sectorial" tiene por objetivo facilitar asesoramiento a las startups y emprendedores innovadores que desarrollen o vayan a desarrollar su actividad en los sectores tractores destacados por la EENE, como son industria, industrias culturales, musicales o audiovisuales, movilidad, salud, construcción y materiales, energía y transición ecológica, banca y finanzas, digital y telecomunicaciones, agroalimentación y biotecnología. Dichas actividades involucrarán al tejido empresarial del sector, especialmente a las grandes empresas y empresas tractoras de cada sector.